La fonction «mot de passe à usage unique» (one-time password, OTP) est une composante de sécurité supplémentaire, utile pour l'établissement de certificats COVID sur votre système primaire intégré. Une fois connectée à l'application Internet de la Confédération, toute personne autorisée peut obtenir un mot de passe à usage unique, puis l'utiliser en tant que moyen d'authentification personnel dans le système de certificats de la Confédération pour toute la durée de la session qu'elle a ouverte dans le système lié. Comme le mot de passe à usage unique est associé à la personne chargée de l'émission et que celle-ci est juridiquement responsable de l'usage qui en est fait, il ne doit pas être transmis à des tiers ni utilisé par des tiers.
Les émetteurs qui génèrent un certificat COVID à partir de leur système au moyen de l'interface du système de certificats doivent copier le mot de passe à usage unique dans leur système primaire. Le mot de passe à usage unique n'est pas nécessaire pour émettre des certificats COVID dans le portail Internet de la Confédération. Le mot de passe à usage unique est valable douze heures. Il faut ensuite en générer un nouveau.